金奇研究员多年来主要从事结核分枝杆菌等病原体基因组、蛋白质组、RNA组等组学以及分子流行病学等研究。主持开展了我国境内野生动物，如蝙蝠和鼠等呼吸道/消化道病毒谱的绘制及基因组结构特征研究；主持开展了我国大人群结核分枝杆菌潜伏感染及其干预研究；主持开展了应用宏基因组等技术构建新型病原体筛查技术体系的探索，在多次重大新发传染病疫情的病原体筛查、识别中发挥了重要作用。作为第一完成人曾获国家自然科学奖、教育部科学技术进步奖一等奖、中华医学科技奖一、二等奖等多项科技奖励。作为通讯/共同通讯作者在《Lancet》、《Cell》、《Lancet Infect Dis》、《Cell Host& Microbe》、《Nature Communication》、《Proc Natl Acad Sci USA》、《Nucleic Acids Res》和《Clin Infect Dis》等SCI收录杂志上发表学术论文超过200篇，影响因子超过1200。